Huyện Cần Giờ cũng đầu tư nạo vét, nâng cấp các tuyến kênh (thuộc chương trình xây dựng nông thôn mới), đến nay đã cơ bản hoàn thành đối với các tuyến kênh, rạch hiện hữu, đê giao thông nội đồng trong vùng quy hoạch nuôi tôm thẻ chân trắng bị bồi lắng. 

Tuy nhiên, việc xây dựng các tuyến đường ngang, đào mới các tuyến kênh, xây dựng bờ bao kiểm soát lũ, các trạm bơm cấp và tiêu nước, trạm điện giai đoạn 2010 - 2015 vẫn chưa thực hiện do diện tích nuôi thủy sản nhỏ lẻ. Hiện, huyện Cần Giờ chịu ảnh hưởng chế độ bán nhật triều của biển Đông, chênh lệch chân triều và đỉnh triều lớn, các cửa rạch, cửa kênh thường mở rộng ở thượng nguồn, các tuyến kênh, rạch phục vụ lưu thông, vận chuyển hàng hóa trong khu vực. Do vậy, việc đầu tư trạm bơm cung cấp nước và tiêu nước hiện chưa phù hợp với tình hình thực tế.