Năm 2014, sản lượng thủy sản của thị xã ước đạt 1.000 tấn. Cùng với việc nuôi xen ghép các giống cá trắm, chép, trôi; thì nhiều giống thủy sản chất lượng như: rô phi đơn tính, cá chép lai V1, cá điêu hồng, tôm càng xanh... cũng được đưa vào nuôi trên diện rộng. Trong thời gian tới, cùng với định hướng người dân xác định lại cơ cấu giống thủy sản phù hợp với điều kiện sinh thái, chủ động sản xuất các giống thủy sản mới tại địa bàn đảm bảo chất lượng, đáp ứng sản xuất đúng thời vụ và đảm bảo giá cả hợp lý; thị xã Phú Thọ tiếp tục có các chính sách khuyến khích phát triển sản xuất để chương trình thủy sản ngày càng đạt hiệu quả cao.