Sự phát triển nhảy vọt về diện tích và sản lượng dẫn đến ngành cà phê Việt Nam phải đối mặt với nhiều vấn đề lớn như: Tổ chức ngành hàng chưa chặt chẽ, phát triển ngoài vùng quy hoạch, thâm canh cà phê chưa đồng đều, tái canh cà phê gặp nhiều khó khăn, nguồn nước tưới hạn chế... Những vấn đề trên đang là thách thức trước mắt và lâu dài cho chiến lược phát triển ngành cà phê Việt Nam. Những vườn cà phê "cụ" Từ sau năm 1975 đến nay, ngành cà phê Việt Nam đã phát triển vượt bậc về diện tích, năng suất, sản lượng; hình thành các vùng chuyên canh cà phê tập trung ở vùng Tây Nguyên, cà phê chè ở Tây Bắc; đang từng bước xây dựng công nghiệp chế biến cà phê đa dạng phục vụ nội tiêu và xuất khẩu. Đến năm 2000, Việt Nam trở thành quốc gia sản xuất, xuất khẩu cà phê đứng thứ 2 thế giới, trong đó đứng số 1 thế giới về sản xuất, xuất khẩu cà phê vối. Theo định hướng của Bộ NN-PTNT về phát triển ngành cà phê bền vững đến năm 2020, tổng diện tích trồng cà phê cả nước ổn định khoảng 600 nghìn ha. Trong đó vùng trọng điểm phát triển cà phê gồm 4 tỉnh Tây Nguyên với khoảng 530 nghìn ha (Đăk Lăk 190 nghìn ha, Lâm Đồng 150 nghìn ha, Gia Lai 75 nghìn ha, Đăk Nông 115 nghìn ha). Các vùng cà phê khác gồm 7 tỉnh, khoảng 70 nghìn ha (gồm Đồng Nai, Bình Phước, Kon Tum...). Ngoài ra sẽ quy hoạch một số vùng cà phê chè chất lượng cao (cà phê nuôi chồn và cà phê hữu cơ) tại Lâm Đồng, Kon Tum, Sơn La, Điện Biên. Tuy nhiên theo thống kê thì đến nay, cả nước đã có khoảng 650 nghìn ha cà phê, được trồng ở 105 huyện của 22 tỉnh, thành phố, bao gồm 5 vùng sản xuất chính là Tây Nguyên (5 tỉnh, 53 huyện), Đông Nam bộ (6 tỉnh, 27 huyện), Nam Trung bộ (3 tỉnh, 4 huyện), Bắc Trung bộ (4 tỉnh, 8 huyện) và trung du miền núi phía Bắc (3 tỉnh, 12 huyện, thị xã). Điều đáng lo ngại là trong 650 nghìn ha cà phê hiện có, không ít diện tích cà phê đã... lên tuổi "cụ". Thống kê từ Cục Trồng trọt (Bộ NN-PTNT) cho biết: Có khoảng 86 nghìn ha cà phê trên 20 năm tuổi (chiếm 15%), 140 nghìn ha từ 15-20 năm tuổi (chiếm 25%). Tổng diện tích cà phê già cỗi cần phải trồng thay thế và chuyển đổi trong 5 năm tới khoảng 140-160 nghìn ha. Bên cạnh những vườn cà phê "cụ", cũng có nhiều vườn cà phê tuy năm tuổi chưa cao, nhưng đã có dấu hiệu muốn... lên lão. Nguyên nhân được nhận định là: Những vườn cà phê này, khi trồng không chú ý đến khâu tuyển chọn giống; quá trình chăm sóc, thu hái không đúng quy trình; nhiều vườn do thiếu nước tưới dẫn đến mất sức... Dự kiến tình hình niên vụ cà phê 2014-2015 và 2015-2016: Do mùa mưa đến sớm nhưng lượng mưa thấp hơn từ 10-30% nên 3 tỉnh Tây Nguyên (Đăk Lăk, Đăk Nông và một số huyện thuộc tỉnh Gia Lai) phải đối mặt với nguồn nước bị thiếu hụt. Dự báo sản lượng cà phê Việt Nam niên vụ 2014-2015 sẽ giảm 20% so với vụ trước do cà phê Arabica giảm 30%; cà phê Robusta ở Tây Nguyên bị "cúm" khi ra hoa, kết hợp khô hạn nhiều vùng thiếu nước; diện tích cà phê già cỗi tiếp tục tăng. Nếu không có diện tích trồng mới thì sản lượng sẽ tiếp tục giảm. Thực trạng từ những vườn cà phê nói trên đã ảnh hưởng không nhỏ đến năng suất, sản lượng và chất lượng hạt cà phê: Năm 2011, năng suất bình quân cà phê cả nước đạt 23,5 tạ/ha, đến năm 2014 chỉ còn 22,2 tạ/ha; sản lượng tăng nhẹ: 1.276,5 nghìn tấn năm 2011 lên 1.395,6 nghìn tấn năm 2014, trong khi diện tích lại tăng nhanh: 586 nghìn ha năm 2011 lên 641,7 nghìn ha năm 2014 (nguồn: Tổng cục Thống kê và Trung tâm Thống kê, Tin học - Bộ NN-PTNT). Và những tồn tại khác Không thể phủ nhận trong thời gian qua, ngành cà phê Việt Nam đã không ngừng áp dụng nhiều tiến bộ về khoa học kỹ thuật trong sản xuất cà phê. Bộ NN-PTNT luôn theo dõi sát và chỉ đạo quyết liệt, phối hợp với các địa phương và các bên liên quan triển khai nhiều nội dung hoạt động, thúc đẩy phát triển ngành cà phê bền vững. Tuy nhiên, tại Hội nghị "Phát triển bền vững ngành cà phê Việt Nam" diễn ra gần đây tại thành phố Buôn Ma Thuột (tỉnh Đăk Lăk), đã thẳng thắn nhìn nhận những tồn tại, hạn chế của ngành cà phê Việt Nam. Tồn tại trước tiên, đó là quy mô phát triển chưa ổn định, một số diện tích còn phát triển ngoài quy hoạch; diện tích cà phê già cỗi chiếm tỷ lệ cao, năng suất và chất lượng thấp trong khi công tác tái canh vẫn còn nhiều vướng mắc. Tồn tại nữa là công tác quản lý chất lượng cà phê còn hạn chế; chưa hình thành các tổ chức liên kết trong sản xuất cà phê, nhất là trong sản xuất nông hộ, thiếu sự điều phối giữa các tác nhân trong ngành. Chuỗi giá trị của ngành hàng từ sản xuất đến thu mua, chế biến, bảo quản và tiêu thụ sản phẩm chưa có sự gắn kết chặt chẽ...
Thêm vào đó, công nghiệp chế biến cà phê trong cả nước còn phân tán và tùy tiện. Trừ một số đơn vị quốc doanh và công ty xuất khẩu có trang bị xưởng chế biến quy mô vừa, còn lại trên 80% lượng cà phê làm ra được chế biến trong các hộ gia đình với công nghệ đơn giản, phơi khô tự nhiên, xay xát bằng những loại máy không đảm bảo tiêu chuẩn kỹ thuật nên chất lượng còn thấp. Đặc biệt, với không ít vườn cà phê ở Tây Nguyên, việc sử dụng phân bón - nhất là phân vô cơ là hết sức tùy tiện. Kết quả điều tra tại huyện Krông Năng (tỉnh Đăk Lăk) cho thấy: Mức bón trung bình là 337kg N, 209kg P2O5 và 208kg K2O/ha/năm. Bón phân không cân đối, không hợp lý, một số vùng không sử dụng cây che bóng mát đã làm ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng vườn cây. Thêm vào đó, nguồn nước tưới cho cây cà phê ngày càng khó khăn do tác động của biến đổi khí hậu, công nghệ tưới chưa tiết kiệm gây lãng phí tài nguyên nước... Đó là những nguyên nhân khiến chất lượng cà phê xuất khẩu chưa cao, dẫn đến khả năng cạnh tranh của ngành cà phê Việt Nam còn nhiều hạn chế...
