Theo chia sẻ của các hộ nuôi tôm, trước đây, nuôi tôm ít dịch bệnh vì môi trường chưa bị ô nhiễm nhiều, cùng đó là áp dụng các phương pháp nuôi trồng thân thiện môi trường. Như "Vua tôm" Sáu Ngoãn cho biết, nếu nuôi quảng canh, nuôi theo truyền thống, gắn bó với việc bảo vệ môi trường thì ô nhiễm giảm nhiều. Những hiện tượng ô nhiễm đều gắn với nuôi trồng chế biến bừa bãi, không theo tiêu chuẩn khoa học và tập quán truyền thống. Mật độ nuôi quá dày, sử dụng quá nhiều sản phẩm hóa học và phụ thuộc nhiều vào nguồn tôm giống không đảm bảo chất lượng.
Về phía chuyên ngành, các nhà khoa học cho rằng, nguyên nhân của tình trạng ô nhiễm môi trường từ nhiều phía, cấp vĩ mô do quy hoạch chưa tốt, vi mô do từng công đoạn sản xuất chế biến còn bất cập. Ô nhiễm trong nuôi trồng thủy sản chủ yếu do chất hữu cơ dư thừa từ thức ăn, phân, rác tồn đọng dưới đáy ao nuôi; hóa chất, kháng sinh tồn dư đọng, phát sinh vi sinh vật (Vibrio, Aeromonas, Ecoli, Pseudomonas, Proteus, Staphylococcus, cùng nhiều loại nấm và nguyên sinh động vật) gây bệnh. Nếu cứ chạy theo sản lượng, nuôi trồng ồ ạt mà không đảm bảo tiêu chuẩn an toàn thì dịch bệnh bùng phát.
Tuy giá trị xuất khẩu ngành tôm năm 2014 vừa qua tại hầu hết các thị trường lớn đều tăng, nhưng chúng ta cũng không nên chủ quan, lơ là trong sản xuất, nhất là việc đảm bảo ATVSTP; Bởi chỉ cần sơ xuất, sản phẩm nhiễm bẩn, thì các thị trường nhập khẩu sẽ sẵn sàng từ chối nhập hàng và ra lệnh cảnh báo, nghiêm cấm. Cùng đó, ngày càng xuất hiện nhiều đối thủ cạnh tranh lớn (Trung Quốc, Ấn Độ, ASEAN…); họ đã và đang cải thiện rất nhiều về chất lượng và giá thành, sẵn sàng thay thế doanh nghiệp Việt Nam nếu doanh nghiệp Việt Nam bị đẩy ra ngoài thị trường.
Còn vấn đề áp thuế chống bán phá giá cũng trực tiếp đánh vào túi tiền các "ông lớn" xuất khẩu, dĩ nhiên ảnh hưởng đến giá đầu vào, và người thiệt cuối cùng là nông dân. Các thị trường lớn (Mỹ, Nhật, EU…) rất có thể sẽ áp dụng biện pháp này nhiều hơn là việc đình chỉ nhập khẩu như Nga áp dụng. "Đòn" này không hạ gục ngay các doanh nghiệp Việt Nam mà khiến họ suy yếu dần, do lợi nhuận giảm sút.
Kinh tế thị trường toàn cầu giúp hàng trăm triệu nông dân có việc làm và nhiều nông trại được biết đến như những thành tố trong nền kinh tế toàn cầu. Cách đây không lâu, chúng tôi dự một buổi trao giấy chứng nhận của một tổ chức quốc tế đối với một số trang trại nhỏ ở ĐBSCL. Những gia đình vô danh này đã được chứng nhận như những thành viên đại gia đình thủy sản thế giới. Tuy vậy, cán bộ ngành địa phương và các nông hộ cho biết, chi phí để có được giấy chứng nhận vệ sinh an toàn trong nuôi trồng thủy sản không rẻ nên số người tham gia chưa nhiều. Một số hộ nuôi cho biết: Các công ty thu mua vẫn trả giá như khi họ chưa được cấp giấy chứng nhận ATVSTP... Mua giống đã qua kiểm dịch thì giá cao hơn 50 - 60% so với giống trôi nổi. Khi bán cho các công ty thì tôm giống đã hay chưa kiểm dịch đều được mua với giá như nhau, chưa kể thương lái còn trộn lẫn vào nhau.
Chi phí chứng nhận MSC (của Hội đồng Bảo tồn biển quốc tế) tiêu tốn khoảng 100.000 USD, chứng nhận GlobalGAP mất 8.000 USD, chưa kể nhiều tiêu chí phức tạp, GlobalGAP phải đạt hơn 200 tiêu chí. Hằng năm lại phải đóng các khoản phí để tiếp tục gia hạn chứng nhận.
Chứng nhận VietGAP đáp ứng khoảng 80% các tiêu chuẩn của thế giới. Tuy vậy, nhiều hộ nuôi vẫn lo ngại, tiêu chuẩn của riêng Việt Nam liệu có được các doanh nghiệp quan tâm? Mỗi doanh nghiệp xuất khẩu vào một thị trường lại đưa ra tiêu chuẩn riêng của họ; vậy sản phẩm VietGAP được bao nhiêu doanh nghiệp thừa nhận? Làm sao phải thống nhất được với các thị trường và nhà sản xuất, chế biến, về việc tiêu thụ sản phẩm VietGAP; khi đó quá trình chuẩn hóa quy trình sản xuất sẽ diễn ra nhanh hơn.
Một số nông hộ cho biết, họ tham gia các chương trình nhận chứng nhận sản xuất an toàn không nhằm mục đích kinh tế, vì giá sản phẩm bán ra không cao hơn sản phẩm bình thường, mà chủ yếu để chứng minh mình có khả năng đáp ứng các tiêu chí khắt khe nhất, đồng thời cho thấy nông dân Việt Nam nuôi trồng sạch, chống lại luận điệu xuyên tạc về chất lượng nuôi trồng tại Việt Nam.
Đến nay, chỉ nuôi cá tra từ năm 2015 bắt buộc phải theo Nghị định 36/2014/NĐ-CP của Chính phủ về việc quản lý hoạt động nuôi, chế biến và xuất khẩu. Quy hoạch, vùng nuôi, cũng như quy trình nuôi trồng cá tra ở Việt Nam vốn khá ổn định, Việt Nam cũng làm chủ được công nghệ. Còn việc áp dụng với con tôm sẽ khó hơn nhiều, do Việt Nam không làm chủ được đầu vào (giống, thức ăn…).
Tiến sĩ Nguyễn Việt Thắng, Chủ tịch Hội Nghề cá Việt Nam từng nói, "thực hiện VietGAP là để khẳng định với các nước khác về chất lượng và tạo dựng niềm tin về hàng thủy sản Việt Nam". Có thể nói tình trạng sản xuất manh mún và thiếu kiểm soát chính là một trong những nguyên nhân khiến ngành thủy sản Việt Nam hầu như dẫm chân tại chỗ khá lâu về giá cả, thương hiệu, lợi nhuận. Khi thiếu nguyên liệu, nhà xuất khẩu trong nước có thể mua tôm Ấn Độ hay Thái Lan thay thế, nhưng nông dân "treo ao" thì sống bằng gì? Chính nông dân Việt Nam phải tự cứu mình, bằng việc chuẩn hóa quá trình nuôi trồng và tạo giá trị thương hiệu riêng cho sản phẩm của mình.
