Tuy nhiên, theo ngành chức năng của tỉnh Cà Mau, diện tích nuôi tôm công nghiệp tăng đa phần là ở ngoài vùng quy hoạch. Điều này sẽ gây khó khăn cho việc quản lý môi trường, kiểm soát dịch bệnh và nguồn tôm giống. Diện tích nuôi tôm công nghiệp ở Cà Mau tăng nhiều nhất là tại các huyện Cái Nước, Phú Tân và Đầm Dơi.
Hiện nay, toàn tỉnh Cà Mau cũng có trên 970 cơ sở sản xuất và kinh doanh giống, với năng lực sản xuất hằng năm đạt khoảng 8 tỷ đến 9 tỷ con giống. Tuy nhiên, số lượng này chỉ đáp ứng khoảng 40% nhu cầu trong tỉnh, số còn lại trên 11 tỷ con phải nhập từ nơi khác về, chính vì vậy, việc kiểm soát dịch bệnh trên tôm giống cũng đang gặp phải nhiều khó khăn tại tỉnh Cà Mau.
Theo ông Trần Văn Của, Chủ tịch Hội Nuôi trồng thủy sản tỉnh Cà Mau, việc nuôi tôm nếu không kiểm soát được dịch bệnh, khi đó lượng nước thải ra sẽ gây ô nhiễm môi trường và lây lan mầm bệnh rất nhanh, bởi với hệ thống sông ngòi dày đặc, hạ tầng chưa được đầu tư khép kín, sẽ ảnh hưởng đến cả khu vực, cả vùng nuôi tôm.
Để khắc phục những khó khăn trên, Ủy ban nhân dân tỉnh Cà Mau chỉ đạo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn địa phương này xây dựng đề án tái cơ cấu ngành nông nghiệp, trong đó có lĩnh vực nuôi tôm công nghiệp. Trong đó, đề án xác định là tiếp tục rà soát, điều chỉnh bổ sung hợp lý tất cả các quy hoạch sản xuất của ngành theo hướng phát triển mạnh các đối tượng sản xuất chủ lực của tỉnh, các đối tượng có lợi thế cạnh tranh, đồng thời cũng quan tâm phát triển tốt các đối tượng truyền thống của địa phương tương xứng với tiềm năng và điều kiện của tỉnh, nhằm phát triển theo hướng giá trị gia tăng và đảm bảo yếu tố bền vững.
Sau khi quy hoạch được phê duyệt, các cơ quan chức năng sẽ tiến hành công bố công khai cho dân biết để thực hiện và kiểm tra việc tuân thủ quy hoạch của người dân. Đồng thời, rà soát lại hạ tầng thủy lợi, điện để có kế hoạch điều chỉnh đầu tư phù hợp, nhằm phục vụ tốt nhu cầu sản xuất. Tăng cường công tác tập huấn kỹ thuật nuôi tôm cho người dân, bảo đảm người dân phải nắm được các kiến thức cơ bản về nuôi tôm.
Đồng thời, tỉnh cũng tập trung huy động nhiều nguồn vốn khác nhau, đầu tư hạ tầng cho vùng nuôi tôm công nghiệp. Tăng cường công tác quản lý môi trường vùng nuôi, phòng chống dịch bệnh trên tôm nuôi. Quản lý nâng cao chất lượng tôm giống và các vật tư đầu vào phục vụ cho nuôi tôm.
Trong thời gian tới, ngành chức năng sẽ tổ chức liên kết trong chuỗi sản xuất, gắn doanh nghiệp với vùng nuôi, đó là doanh nghiệp chế biến, doanh nghiệp sản xuất giống, doanh nghiệp cung ứng thuốc, thức ăn, để giảm chi phí trong sản xuất, ổn định đầu ra cho sản phẩm, gia tăng lợi nhuận. Tăng cường công tác chỉ đạo, quản lý của các ngành, địa phương, cử lực lượng cán bộ kỹ thuật cơ sở bám sát vùng nuôi để kịp thời nắm tình hình và xử lý các tình huống phát sinh, phục vụ tốt nhất cho người dân yên tâm sản xuất.