Chương trình được chia làm 2 giai đoạn, giai đoạn 2016 - 2018 và giai đoạn 2019 - 2020, dự kiến với tổng nguồn vốn đạt khoảng 54.000 tỷ đồng. Trong đó, hợp phần phát triển nuôi trồng thủy sản là 35.000 tỷ đồng, ngoài ra còn có hợp phần khai thác thủy sản, hợp phần bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản, hợp phần chế biến, tiêu thụ thủy sản.
Năm ngoái, tổng sản lượng thủy sản cả nước đạt 5,9 triệu tấn, trong đó sản lượng khai thác đạt 2,7 triệu tấn, sản lượng nuôi trồng đạt 3,2 triệu tấn, góp phần vào tốc độ tăng tổng sản lượng bình quân toàn ngành thủy sản đạt mức 7,3%/năm trong giai đoạn 2004-2013.