Theo báo cáo đề xuất, mục tiêu đến năm 2020, tổng sản lượng thủy sản đạt 7 triệu tấn (sản lượng khai thác chiếm khoảng 65 - 70%); giá trị xuất khẩu đạt 11 tỷ USD; tỷ trọng chiếm khoảng 33,3% trong GDP nông nghiệp; tốc độ tăng trưởng bình quân 7 - 8%/năm; thu nhập bình quân của lao động gấp 3 lần hiện nay

.Trong hoạt động khai thác thủy sản, phấn đấu giảm tổn thất sau thu hoạch từ 20 - 25% hiện nay xuống 10%; 100% cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão đảm bảo an toàn và đáp ứng các tiêu chuẩn vệ sinh môi trường; 100% tàu khai thác hải sản xa bờ được trang bị hệ thống thông tin quản lý tàu cá; 100% thuyền trưởng, máy trưởng được đào tạo chuyên môn; 100% các khu bảo tồn biển và bảo tồn nước nội địa được quy hoạch, 30% các khu bảo tồn đưa vào hoạt động hiệu quả.

Chương trình được chia làm 2 giai đoạn (2016 - 2018 và 2019 - 2020), dự kiến tổng nguồn vốn đạt 53.645 tỷ đồng; trong đó, hợp phần phát triển nuôi trồng là 35.000 tỷ đồng, hợp phần khai thác là 15.650 tỷ đồng, hợp phần bảo vệ và phát triển nguồn lợi 2,705 tỷ đồng, hợp phần chế biến - tiêu thụ 290 tỷ đồng.