Hiện diện tích nuôi cá tra theo hình thức liên kết dọc tại ĐBSCL còn khiêm tốn, chỉ phát triển tại An Giang, Đồng Tháp, Cần Thơ với 563 héc ta, chiếm khoảng 8,6% diện tích nuôi cá tra toàn vùng.
Theo khảo sát của trường Đại học Cần Thơ, hình thức liên kết dọc đã hình thành ở một số tỉnh ĐBSCL từ năm 2006. Theo đó, người nuôi liên kết với các công ty chế biến xuất khẩu thủy sản hoặc công ty sản xuất thức ăn thủy sản thông qua hợp đồng được ký kết giữa hai bên. Nông dân được doanh nghiệp đầu tư 100% thức ăn nuôi cá và khoán chi phí sản xuất khác cho nông hộ gồm con giống, thuốc thú y, lương công nhân, thuê ao, điện, nhiên liệu và các chi phí khác; riêng chi phí thức ăn được doanh nghiệp khoán cố định cho người nuôi theo hệ số tiêu tốn thức ăn (doanh nghiệp cung cấp theo nhu cầu của người nuôi, đã đăng ký sản lượng với doanh nghiệp).
Nông dân phải ứng trước các khoản chi phí (trừ thức ăn) và được doanh nghiệp thanh toán lại sau khi thu hoạch.
Mật độ cá tra nuôi ở ao dao động từ 45 – 70 con/m2, kích cỡ cá giống (chiều cao thân) từ 1,2 – 2,5 cm. Thời gian nuôi mỗi vụ từ 6 – 7 tháng với lượng thức ăn tiêu tốn từ 550 – 650 tấn/héc ta. Nuôi đúng kỹ thuật, khi thu hoạch đạt năng suất bình quân 345 tấn/héc ta, cá biệt có hộ nuôi đạt năng suất 373 – 416 tấn/héc ta/vụ.
Sau khi trừ chi phí, người nuôi thu lãi từ 600 – 800 triệu đồng/héc ta, chủ yếu nhờ năng suất cao. Từ năm 2006 đến nay, những hộ nuôi riêng lẻ thu lãi ít hoặc không có lãi vì năng suất không cao, giá cá tra nguyên liệu bán ra không ổn định, thường là thấp hơn giá thành. Trong khi những hộ liên kết với doanh nghiệp đều thu lãi cao.
Tại An Giang, hiện đã hình thành 5 vùng nguyên liệu tập trung rộng 253 héc ta áp dụng tiêu chuẩn SQF 1000 CM và Global GAP do 5 doanh nghiệp gồm Công ty Agifish, Afiex, Asia Feed, Việt An và Ntaco đầu tư, liên kết với nông dân.
Ở Đồng Tháp, Công ty Hoàng Long cũng thực hiện hình thức liên kết với nông dân nuôi cá tra theo tiêu chuẩn Global GAP với diện tích 70 héc ta. Bảy đơn vị khác tại đây cũng liên kết với nông dân nuôi 210 héc ta.
