Nuôi thủy sản tập trung chủ yếu tại các xã Hà Vị, Cẩm Giàng, Lục Bình, Vi Hương với gần 2.000 hộ tham gia, trong đó có trên 150 hộ sản xuất cá giống. Với năng suất hơn 12 tạ/ha, hàng năm toàn huyện Bạch Thông có sản lượng gần 150 tấn thủy sản.

Bên cạnh đó, huyện đã phối hợp với Trung tâm giống Thủy sản Bắc Kạn, Trại cá Cẩm Giàng xây dựng nhiều mô hình thâm canh, áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật nuôi một số loại thủy sản có năng suất, chất lượng, hiệu quả cao. Các cơ quan chuyên môn cũng đẩy mạnh công tác tuyên truyền, hướng dẫn người nuôi cải tạo những chân ruộng có điều kiện thích hợp sang nuôi thủy sản hoặc thực hiện mô hình cá lúa đem lại hiệu quả kinh tế cao hơn trên cùng một đơn vị diện tích đất canh tác.